Work Unitを使ってプロジェクトをProject Explorerで整理できます。Work UnitはProject Explorerのどのタブでも、エレメントとして作成でき、プロジェクトをいくつかに分けて管理できるので、ソースコントロールシステムなどで扱いやすくなります（例えばProjects Settings 「Generalタブ」のWorkgroupグループボックスなどで設定できます）。
Project Explorerの階層にWork Unitを追加すると「New Work Unit」ダイアログが開くので、そのエレメントと、該当するWWUファイルの名前を入力できます。